De missie en visie van de Mgr. Niënhausstichting luidt als volgt:

Missie
Alvorens aandacht te besteden aan de brede visie willen we eerst graag stil staan bij de algehele kaders voor zover deze binnen de Stichting zijn vastgesteld, verwoord in het navolgende mission statement:

De Mgr. Niënhausstichting staat voor eigentijds onderwijs en opvoeding op basis van de katholieke indetiteit.

Deze missie is ons bestaansrecht en moet ons onderscheiden in het onderwijsveld.

Kernaspecten van de visie
Op basis van de missie hebben we onderstaande kernaspecten van de visie geformuleerd:

Katholiciteit / opvoeding:
De Stichting geeft aan wat zij waardevol en belangrijk vindt voor de opvoeding en vorming van de kinderen op haar scholen (normatief kader) en hoe dat binnen haar scholen gestalte krijgt. In een open dialoog met de katholieke geloofsgemeenschap ondersteunt men elkaar om de identiteit van kinderen te ontwikkelen. 

Zorg:
De Stichting kenmerkt zich door een zodanige organisatie dat scholen, in een sfeer van veiligheid en geborgenheid, in staat worden gesteld om onderwijs te geven aan kinderen in diverse onderwijskundige richtingen en stromingen, afgestemd op de behoeften, talenten en mogelijkheden,

Kwaliteit / deskundigheid:
In alle geledingen van de Stichting zijn gekwalificeerde mensen aanwezig die vanuit hun taken en verantwoordelijkheden de organisatie goed vorm geven. 

Vrijheid in gebondenheid:
De Stichting kenmerkt zich door samenhang en daadkracht waarin een ieder op zijn niveau verantwoordelijkheid draagt binnen de gestelde kaders. 

Participatie:
Binnen de Stichting ondersteunen school en ouders elkaar om de ontwikkeling van de school en de kinderen te bevorderen. De gedeelde opvoedings- en vormingsdoelen zijn daarbij het uitgangspunt. Deze vorm van participatie noemen we educatief partnerschap en heeft betrekking op de ouderbetrokkenheid. Daarnaast hechten we veel waarde aan het betrekken van de kinderen bij de ontwikkeling van de school, de leerlingenparticipatie. 

Openheid / transparantie:
Transparantie en openheid, zowel in- als extern, is kenmerkend voor onze organisatie. 

Pro-actief / innovatief:
De stichting heeft zicht op de ontwikkelingen in de samenleving en zet vanuit haar maatschappelijke verantwoordelijkheid op actieve wijze (onderwijskundige) vernieuwingen in gang, waarbij samenwerking met andere partijen niet wordt uigesloten. 

Integrale benadering / afstemming:
Door de gehele organisatie wordt integraal beleid ontwikkeld. Afstemming tussen de diverse organisatielagen waarbij taken en bevoegdheden zo laag mogelijk in de organisatie worden gelegd vanuit het principe "Decentraal wat kan, centraal wat moet" is hierbij een voorwaarde. 

Slagvaardigheid:
De stichting heeft een structuur waarin beleidsontwikkeling en beleidsuitvoering maximaal geëffectueerd worden. De besluitvorming is doelmatig en slagvaardig.   

Strategisch beleid.
De missie en visie van de Mgr. Niënhausstichting worden vertaald in het Stichtingsplan, beschrijvende het meerjaren strategisch beleid.